武藤游戏的时代数十年后的童实野町，演变成了阶级社会的未来都市「新童实野都市(ネオ童実野シティ)」。主人公「不动游星(不动游星)」驾驶着决斗盘的进化型「D轮摩托(D・ホイール)」以从下层区(下层エリア)到上层区(上层エリア)为目标奔驰。以夺走对自己和朋友很重要的卡「星尘龙(スターダスト・ドラゴン)」的为所欲为的竞敌·骑乘决斗的冠军人物「杰克·阿特拉斯(ジャック・アトラス)」所在的决斗竞技场为目标。终于游星和杰克对峙了。怀着各自的坚定信念的他俩的王牌怪兽「星尘龙」与「真红魔龙(レッド・デーモンズ・ドラゴン)」展开激烈冲突！在二龙之战中忽然出现的神秘「红龙(赤き竜)」，让游星的手臂浮现出了「龙之痣(竜の痣)」。由「龙之痣」所引导的各自的命运在这一刻开始了。到底为朋友而战的游星前面等待着他的会是什么？！「龙之痣」所带来的到底又是什么呢？！