话说故事男主角海神航，是一个麻木不仁、只为学业奋斗的少年。故事一开始在烦嚣的东京，正是考试放榜的日子，航和他的同窗兼朋友灿绪去看成绩，一心想著胜利是理所当然的他，却发现榜上没有他的编号！原来是因为选错多项选择的答案了？於是学校考不上，而一直照顾航的管家，亦要离他而去！正当事情达到这样糟糕的时候，突然两神秘人出现，说恭喜航受推荐入读一间神秘学校，而该学校竟在一个神秘的岛上－－